Ένας μεγάλος αριθμός εντυπωσιακών Τουρκικών Τζαμιών σώζεται ακόμα στην πόλη του Ρεθύμνου. Το Τζαμί Νερατζέ ήταν πριν εκκλησία της Παναγίας. Έχει τον πιο καλοδιατηρημένο μιναρέ στο Ρέθυμνο. Το Τζαμί του Βελή Πασά έχει χτιστεί πάνω από μια εκκλησία (Άγιος Ονούφριος) και παρουσιάζει κάποια μοναδικά κατασκευαστικά χαρακτηριστικά. Το τζαμί Καραμούζα και το τζαμί Ιμπραήμ Χαν (Βενετικός καθεδρικός ναός που τροποποιήθηκε από τους Τούρκους) είναι επίσης αξιοσημείωτα.

Το τζαμί των Γενίτσαρων βρίσκεται στο λιμάνι των Χανίων και κατασκευάστηκε το 1645 όταν οι Τούρκοι κατέλαβαν την πόλη.

Υπάρχουν επίσης αρκετοί αξιοπρόσεκτοι μιναρέδες στο νησί.