Η Σπιναλόγκα παρέμεινε υπό βενετική κατοχή για μισό αιώνα μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Τούρκους και αποτέλεσε καταφύγιο για τους Χριστιανούς που διώκονταν από τους Τούρκους. Τελικά, το 1715 οι Βενετοί παρέδωσαν το νησί στους Τούρκους με ειδική συμφωνία.

Το 1903 η κρητική κυβέρνηση έκανε τη Σπιναλόγκα κοινότητα των λεπρών της Κρήτης. Το καθεστώς αυτό έληξε το 1957.