Η κεντρική αυλή, σε βορειοανατολική και νοτιοδυτική ευθυγράμμιση είναι ελαφρώς διαφορετική από αυτή των άλλων παλατιών της Κρήτης. Είναι επίσης αξιοσημείωτα μικρότερη. Η είσοδος στην αυλή ήταν ανάμεσα σε δύο κολόνες μπροστά από τη δεξαμενή καθαρμών. Στη νοτιοδυτική πλευρά της αυλής υπάρχει ένας μεγάλος βωμός. Στη νοτιοανατολική γωνία της αυλής υπάρχει ένα πηγάδι στο οποίο βρέθηκε ένα δοχείο με ελιές στο νερό, καταπληκτικά διατηρημένο για 3.000 χρόνια. Αυτό το πηγάδι ακόμα προμηθεύει φρέσκο νερό.