Noch ein halbes Jahrhundert nach dem Einfall der Türken in Kreta blieb Spinalonga in venezianischer Hand und wurde zum Zufluchtsort für die Christen, die vor der Wut der Türken hierher flüchteten. Erst im Jahre 1715 überließen die Venezianer den Türken in einem Sondervertrag die kleine Insel.

Im Jahre 1903 machte die Kretische Republik Spinalonga zu einer Leprakolonie, die 1957 geschlossen wurde.