Eine weitere minoische Stätte wurde an einem Platz namens Mirtos Pirgos entdeckt. Auch sie war in frühminoischer Zeit bewohnt und wurde zur selben Zeit wie Fournou Karfi zerstört, dann jedoch neu erbaut und bis in spätere Zeiten bewohnt. In der Zeit der neuen Paläste entstand die große Villa auf der Spitze des Hügels. Eine Zisterne aus der Zeit der älteren Paläste gilt als die tiefste minoische Zisterne von Kreta.

Die Stätte auf einem Hügel auf der Nordseite der Hauptstraße ist durch ein Hinweisschild vor der Einfahrt nach Mirtos gekennzeichnet. Ein Feldweg führt von hier bis zur venezianischen Brücke an der alten Straße nach Ierapetra. Der Pfad beginnt am Fuße des Hügels direkt neben der Nationalstraße, ist allerdings zunächst nicht so einfach zu finden, weil er bei den Überschwemmungen in letzter Zeit teilweise überspült wurde. Sobald man jedoch den Hügel hochläuft, ist er ganz eindeutig mit weißen Steinen markiert. Der Anstieg von etwa 15 Minuten ist wirklich der Mühe wert, weil man von der minoischen Villa auf der Hügelspitze einen atemberaubenden Ausblick auf das Libysche Meer und die nähere Umgegend hat. Ein Treppenweg verbindet die Stadt auf der Ostseite des Hügels mit einem gepflasterten Hof vor dem Haus. Die Zisterne im Hof stammt aus einer früheren Zeit und war beim Bau des Hauses mit Steinen gefüllt. Typisch für die Minoer ist der erhöhte Gehweg vor der Veranda. Die Randsteine des Gehwegs bestanden aus rotem Kalkstein, ebenso wie die Füße der Holzsäulen zu beiden Seiten des Stützpfeilers. Am Westende der Veranda befand sich der Eingang zur Villa über eine Passage, die zunächst nach Norden zu einer Treppe führte (jetzt zum Schutz abgedeckt) und dann zu einem Lichthof mit einem Bodenbelag, wieder aus rotem Kalkstein. Eine Bank (ebenfalls zum Schutz abgedeckt) stand gegenüber dem Lichthof. Die Überreste vom Ostflügel lassen auf einen großen Raum im Obergeschoß schließen.

Auf der Nordseite des Hügels, unterhalb der Villa befinden sich die Überbleibsel der tiefsten minoischen Zisterne von Kreta. Wie es scheint, war ihre äußere Mauer eingefallen, und wurde nicht mehr repariert, so daß das Wasser von der unteren Seite nach oben gebracht werden mußte.

Die bemerkenswerten Fundstücke aus der Gegend von Mirtos sind in den Museen von Agios Nikolaos und von Iraklion ausgestellt.