Der Zentralhof hat fast denselben Grundriß wie die Höfe von Festos und Knossos, und ist von Nordosten nach Südwesten ausgerichtet. Die flache Vertiefung im Hof diente vermutlich als Altar.

An der Ostseite des Hofes zog sich ein Portikus hin - ein offener Raum mit säulengestütztem Dach - ein beliebter Zug der Bauten. Der Portikus von Malia hatte abwechselnd Pfeiler und Säulen, und die Löcher zwischen den Pfeilern könnten eventuell für ein Geländer gedient haben.