Auf der ganzen Insel gibt es mehr als 2.000 Höhlen. Viele davon wurden schon in alten Zeiten, bis 3.000 v. Chr., benutzt. Die Spileo Eilithia (Eilithia-Höhle) war eine Kultstätte, der Göttin der Geburt, Eilithia, geweiht. Fundstücke von hier gehen bis ins Neolithikum zurück. Die Spileo Dikteon Andron (Dikteon-Höhle) auf der Lassithi-Hochebene ist , laut der Mythologie, die Geburtsstätte des Gottes Zeus und Heimat seiner Jugendjahre. Die Spileo Melidoniou (Melidoni-Höhle) war der Schauplatz eines tragischen Geschehens im Verlauf der Kämpfe um die Unabhängigkeit Kretas. Im Jahre 1824 hatten sich 300 Dorfbewohner vor den türkischen Truppen in die Höhle geflüchtet. Weil sie sich weigerten, herauszukommen, entzündeten die Türken vor der Höhle ein Feuer. Keiner der Dorfbewohner überlebte. Die Spileo Sendoni (Sendoni-Höhle) an dem antiken Ort Axos wird zu den schönsten Höhlen Kretas gerechnet. Die Spileo Agiou Ioanni (Agios Ioannis-Höhle) schließlich ist der Ort, wo der Heilige Ioannis der Eremit lebte und starb.