In den nächsten hundert Jahren wanderten offenbar immer wieder griechische Stämme nach Kreta ein. Die neue Schrift von Knossos (Linear B) ist nachweislich Griechisch, obwohl die Schriftzeichen nicht aus dem griechischen Alphabet stammen. Der endgültige Niedergang der großen minoischen Kultur erfolgte nach 1.300 v. Chr. , einer Zeit neuer Erdbeben und Feuersbrünsten auf der Insel.

Eine nächste Welle von Einwanderern, die dorischen Griechen, drangen nach der Zerstörung von Mykene auf dem Festland um 1.100 v. Chr. nach Kreta ein, wo sie ein aristokratisches Herrschaftssystem einführten. Die kretische Gesellschaft wurde in drei Klassen unterteilt - die freien Bürger, die aber den Eindringlingen Gehorsam leisten mußten, die Landbesitzer, die zu hohen Steuerzahlungen verpflichtet waren, und die Sklaven. Der berühmte Gesetzeskodex von Gortyn zeugt von der absoluten Vollmacht der Herrscher in allen Bereichen des täglichen Lebens.

Die minoische Kultur überlebte in mehreren abgelegenen Städten und Dörfern, besonders in Ostkreta. Städte wie Karfi in den Lassithi-Bergen wurden zur Heimat der Minoer, die sich selbst Eteokreter (echte Kreter) nannten. Andere mächtige Städte wie Praisos (Lassithi) verschmolzen nach und nach die minoische und die griechische Kultur. Praisos behielt seine eigene, bis jetzt noch nicht entzifferte Sprache und blieb in seiner Machtposition bis ins dritte vorchristliche Jahrhundert.

Für einige Zeit, um das siebte Jahrhundert v. Chr., wurde Kreta nochmals zu einem wichtigen Zentrum Griechenlands, verlor aber wieder an Bedeutung, als sich der Schwerpunkt der griechischen Kultur nach Athen, Sparta und Makedonia verlagerte.

Die griechischen Stadtstaaten, so wie Lato, Gortyn, Praisos, Itanos, Kydonia, Aptera und Knossos lagen untereinander in ständiger Fehde. Dauernd herrschte auf der Insel Bürgerkrieg. Erst als ein Feind von außen sich gegen Kreta erhob, stand die Bevölkerung geschlossen gegen den Eindringling. Trotz dieser Einheit fiel die Insel aber im Jahre 69 v. Chr. in die Hände der Römer.