Die erste byzantinische Zeit dauerte von 395 n. Chr. bis 824 n. Chr. In dieser Zeit war Kreta ein Teil des byzantinischen Reiches, dessen Hauptstadt Konstantinopel war. Als Provinz des Reiches, unter der Verwaltung eines byzantinischen Generals nahm Kreta teil am Aufbau der griechisch-byzantinischen Herrschaft. Mittlerweile war das Christentum nach Kreta getragen worden und breitete sich auf der Insel aus. Prächtige Kirchen und Basiliken wurden errichtet. Allein aus dieser Zeit fanden sich Hinterlassenschaften von mehr als 40 Basiliken, besonders in Gortyn, Limin Hersonisou, Sougia, Elounda und Itanos.