Eine dritte Art der byzantinischen Kirchen, die Kreuzform, kam im 6. Jahrhundert n. Chr. unter der Herrschaft Justinians, auf. Ihren Anfang nahm sie mit der Hagia Sofia in Konstantinopel. Die Kreuzform verknüpft die zwei früheren Formen der Basilika. Sie besteht aus einer Kuppel über einem rechteckigen Hauptbau, an dem im rechten Winkel zusätzliche Anbauten angebracht worden waren, um die Kuppel zu tragen. So entstand eine Kirche in Form eines Kreuzes mit der Kuppel auf den Schnittpunkten der Kreuzesarme (kreuzförmige oder stavroti-Architektur). Dieser Stil hat viele Abwandlungen, je nach der Länge der zwei Kreuzarme, ihrer Lage zueinander, der Höhe der Arme und ihres Abschlusses (einfach oder zurückgesetzt, um einen Bogen zu bilden), die Art, wie der restliche Raum außerhalb der Kreuzesarme genutzt wurde, und die Zahl und Form der Kuppeln.

Hauptbeispiel der frühen Kreuzform auf Kreta, und eine der wichtigsten Hinterlassenschaften der Christenheit überhaupt ist die Agios Titos-Kirche in Gortyn (Iraklion). Sie wurde im 7. Jahrhundert n. Chr. oder noch eher erbaut, und vereint die Kreuzform mit den vorhergehenden Stilen. Viele andere Kirchen Kretas sind noch wunderbare Beispiele der Kreuzform, so wie die Kirche Panagia Serviotisa in Stylos und Ai Yannis Kyr-Yannis (Zoodohos Pigi) in Alikianos bei Chania, die beide zu Beginn der zweiten byzantinischen Zeit geschaffen wurden. Die Kirche des Michael Archangelos in Arkalohori (Monofatsi) hat Kreuzform, aber keine Kuppeln, und das Längsschiff ist höher als das Querschiff. Die Kreuzform findet man auch bei der Kirche der Panagia Gouverniotissa in Potamies und der Kirche der Panagia in Drakonero, bei Prinos, die am Schnittpunkt von Längs- und Querschiff eine Kuppel tragen. Bisweilen ist das Kreuz von einem Viereck umschlossen, wobei der übrige Raum völlig zugebaut wurde (Kreuz-im-Rechteck Architektur), wie bei der Panagia Serviotisa in Stylos oder bei der Michael Archangelos-Kirche in Aradena (Sfakia). Die umschlossenen Teile des Rechtecks schufen teilweise Platz für eine dreiteilige Basilika, oder wurden so in die Länge gezogen, daß das Kircheninnere den Anschein eines einzigen Raumes hatte, as is the case in Agios Nikolaos of Kyriakoselia. Nicht selten haben solche Kirchen mehr als eine Kuppel. So hat die Ai Yannis Kyr-Yannis-Kirche in Alikianos (Kydonia) zwei, die Agios Fanourios in Kitharida (Malevizi) drei und die Agios Salvadoros (Metamorphosis of Sotiras, Agios Nikolaos und Agios Dimitrios)in Kounavi (Pediada) fünf.