Viele kretische Kirchen wurden innerhalb einer Höhle, auf großen Felsbrocken oder auf den Grundmauern anderer Gebäude errichtet. Die älteste Klosterkirche Kretas, die Katholiko auf Akrotiri (Kydonia) zum Beispiel ist einfach eine aus dem Fels gehauene Höhlung. Die Agios Iasatos-Kirche in Agios Thomas (Monofatsi) wurde ebenfalls in den Fels gehauen. Die Panagia der Zwei Gipfel in Fres (Apokoronos) erhebt sich auf zwei Felsbrocken. Die Agios Mamas-Kirche in Kyriakoselia (Apokoronos) wurde vollständig in einer Höhle errichtet, ebenso wie die Panagia-Kirche (Kera Spiliotisa) in Agios Thomas (Monofatsi).