Während der letzten Jahre der venezianischen Herrschaft stand Kreta ständig unter der Drohung eines türkischen Einfalls. Die Invasion begann 1654 mit dem Angriff auf Chania. Sechzigtausend Mann landeten mit einer Flotte von 400 Schiffen, und bald fiel Chania. Das nächste Ziel war Rethimnon, das sich 1646 ergeben mußte. Um 1648 war ganz Kreta unter der Kontrolle des Ottomanenreiches, außer Iraklion. Seine Belagerung dauerte einundzwanzig Jahre. Am 27. September 1669 kapitulierte die Stadt. Der lange Kampf hatte die Türken über 117.000 Menschenleben und die Kreter und Venezianer ungefähr 30.000 Menschenleben gekostet.

Es folgte eine unglaubliche Zerstörung der Insel. Kirchen wurden entweder dem Erdboden gleichgemacht oder in Moscheen umgewandelt. Sogar vor Straßen und Verteidigungsanlagen machten die Eroberer nicht Halt.

Viele Bewohner Kretas flohen von der Insel, um der Verfolgung der ottomanischen Regierung zu entgehen. Tausende andere wurden gefangengenommen oder flüchteten in die Berge. Eine große Zahl türkischer Siedler kam nach Kreta und machte das Leben der schrumpfenden christlichen Bevölkerung noch schwerer. Die Kreter hatten höhere Steuern zu zahlen als die andere Untertanen des Ottomanenreiches, Bauern wurden zu Hörigen und Privatbesitz wurde beschlagnahmt.

Dieser Zustand, der an Sklaverei grenzte, schürte ständige Aufstände gegen die türkischen Herren. Die erste größere Rebellion brach 1770 unter der Führung von Daskaloyannis aus und wurde von der türkischen Übermacht niedergeworfen. Harte Vergeltungsmaßnahmen folgten nach jeder Erhebung der christlichen Bevölkerung.

Im Jahre 1821 brach der griechische Unabhängigkeitskrieg aus und erhielt weitreichende Unterstützung von Kreta. Die Türken riefen daraufhin den Pascha von Ägypten zu Hilfe und antworteten mit brutalen Rachefeldzügen. 1832 wurde der griechische Staat ausgerufen, der aber Kreta nicht einschloß. Die Insel geriet an die Ägypter als Dank für deren Hilfeleistung.

Mit Freiwilligen und Verstärkung vom freien Griechenland begann 1866 die "Große Kretische Revolution". Die Aufständischen konnten eine Reihe von Siegen verzeichnen, doch neue türkische Truppen antworteten meist mit Vergeltungsmaßnahmen gegen die Zivilbevölkerung. Die Selbstaufopferung im Moni Akadiou (Kloster von Arkadi) wurde zum tragischen Symbol des kretischen Kampfes um Unabhängigkeit. Eine Gruppe mit hunderten von Frauen und Kindern, die im Kloster Zuflucht gefunden hatte und sich nicht ergeben wollte, sprengte das Pulvermagazin und begrub sich, zusammen mit 1.500 türkischen Soldaten unter den Trümmern.

Nach jahrelangen Kämpfen mußten die Großmächte (Großbritannien, Frankreich, Italien und Rußland) schließlich zugeben, daß die Türken die Situation nicht mehr unter Kontrolle hatten, und griffen ein. Nach dem Abzug der türkischen Truppen im Jahre 1898 wurde die unabhängige Kretische Republik ausgerufen.