Unter der Venezianerherrschaft blieb die große Tradition des byzantinischen Kirchenbaues unverändert erhalten. Der westliche Einfluß macht sich allenfalls im Äußeren bemerkbar, das mehr und mehr gotische Züge annahm, eine reich verzierte Fassade zeigt und mit einem Glockenturm vervollständigt wurde. Auch Tore und Fenster sind üppig geschmückt.

Solche Kirchen finden wir beim Kloster von Arkadi (bei Rethimnon) und bei den Klöstern Agia Triada und Gouverneto auf Akrotiri (Kydonia). Reichgeschmückte Türen und Fenstern kann man bei Agios Faneromenos im Varsamonero-Kloster, bei der Panagia-Kirche in Drakona (Prinos, Rethimnon) und bei der Panagia-Kirche in Thronos (Amari) bewundern. Die Agii Apostoli-Kirche in Sfakia und mehrere andere sind an den drei Enden der Kreuzform abgerundet und kehren somit wieder zur alten Tradition der ersten byzantinischen Kirchen, wie Agios Titos in Gortyn, zurück.