Links neben der katholischen Kirche, ist das Archäologische Museum von Chania. Bei diesem prächtigen Gebäude handelt es sich um die ehemalige San Francesco-Kirche aus der Zeit der Venezianer. Schon um das Innere dieses Gebäudes und dessen Garten zu sehen, lohnt sich ein Besuch. Es sind auch interessante Stücke aus minoischer, hellenistischer und römischer Zeit zu besichtigen. Die Ausstellungstücke des Museums wurden alle in der Umgegend ans Licht gefördert und folgen in ihrer Präsentation einer zeitlichen Reihenfolge, beginnend mit Funden aus der Neusteinzeit. Alle Stücke sind in Griechisch und Englisch beschriftet, mit einer kurzen Erklärung hinsichtlich ihrer Bedeutung und ihrer Herkunft.

Weiterhin gibt es zwei Tontafeln mit Linear A- und B-Schrift. Außer den Tontafeln von Knossos sind diese beiden Tafeln aus Kastelli das einzige Beispiel, wo beide Schrifttypen zusammen gefunden worden sind.

Es sind auch interessante Stücke aus minoischer, hellenistischer und römischer Zeit zu besichtigen. Die Ausstellungstücke des Museums wurden alle in der Umgegend ans Licht gefördert und folgen in ihrer Präsentation einer zeitlichen Reihenfolge, beginnend mit Funden aus der Neusteinzeit. Alle Stücke sind in Griechisch und Englisch beschriftet, mit einer kurzen Erklärung hinsichtlich ihrer Bedeutung und ihrer Herkunft.

Die Ausstellungstücke des Museums wurden alle in der Umgegend ans Licht gefördert und folgen in ihrer Präsentation einer zeitlichen Reihenfolge, beginnend mit Funden aus der Neusteinzeit.

An der Vorderseite des Museums überwiegt die minoische Keramikware, mit vielen großen Pithari-Krügen.

Im Zentrum ist eine Sammlung von sogenannten Truhensarkophagen oder minoischen Tongräbern ausgestellt. Man bewundere die schönen Malereien mit Motiven von Vögeln, Tintenfischen und den zentralen Symbolen der minoischen Kultur, der Doppelaxt und den Stierhörnern. In einem davon liegen noch zwei kleine Skelette.

Weiter hinten gibt es noch griechisch-römische Glasware, Mosaiken und Skulpturen. Im Hintergrund steht eine wunderbare römische Statue von Elyros, die als der Philosoph von Elyros bekannt wurde.

Das Museum selbst, mit seinen Spitzbögen ist eindeutig ein venezianische Bau. Das Mittelschiff hat drei Kapellen mit Gewölbekuppeln (rechts und links vom heutigen Eingang). Links vom Eingang stand einst ein Glockenturm. Außer dem Mittelschiff hatte die Kirche noch rechts und links jeweils ein Seitenschiff. Im nördlichen Schiff sind noch weitere vier Kapellen (Pareklisia). Die Schiffe wurden mit Bögen voneinander getrennt. In der Türkenzeit wurde die Kirche zur Yussuf Aga-Moschee, von dessen Minarett noch Überreste im heutigen Museumsgarten stehen.

Im Garten liegen venezianische Portale von zerfallenen venezianischen Palästen. Zwei davon stammen vom Zangaroli-Palast aus dem Kastelli-Viertel. Zangaroli war um 1606 der venezianische Statthalter von Kreta. Seine Söhne traten zum orthodoxen Glauben über und bauten das Agia Triada-Kloster auf Akrotiri. Auch zwei Brunnen sind zu sehen, ein türkischer und der venezianische Brunnen vom Sindrivani-Platz, der noch heute Wasser spendet.