Das der Maria Himmelfahrt geweihte Männerkonvent gehört zu den ältesten Klöstern Kretas. Manuskripte im Britischen Museum aus dem Jahre 1559 berichten von der bedeutenden Bibliothek von Agarathos. In venezianischer Zeit war Agarathos, genauso wie Agia Ekaterini in Iraklion, Mittelpunkt des Lernens und brachte ebenfalls viele große Gelehrte hervor. Der Name des Klosters kommt von dem Wort Agarathia, was Jerusalem-Salbei bedeutet, denn der Sage nach soll eine Ikone der Panagia hier unter einem Salbeibusch entdeckt worden sein. Als nun die Türken auf der Insel landeten, sandte der Abt die Ikone der Panagia und andere Wertgegenstände nach Kithera. Viele Inschriften im Kloster stammen aus venezianischer Zeit, obwohl die jetzige Kirche ein neuer Bau ist. Von Agarathos aus geht die Straße weiter nach Episkopi.