Πολλές Ελληνικές φυλές από την ηπειρωτική Ελλάδα μετανάστευσαν στην Κρήτη στο πέρασμα των χρόνων. Αποδείχτηκε ότι τα ευρήματα που βρέθηκαν γραμμένα σε Γραμμική Β' είναι σε Ελληνική γλώσσα, αν και τα σύμβολα που χρησιμοποιήθηκαν δεν ήταν τα Ελληνικά γράμματα. Ο λαμπρός Μινωικός πολιτισμός παρήκμασε μετά το 1400 π.Χ., ύστερα από νέους σεισμούς και πυρκαγιές που έπληξαν το νησί.

Το επόμενο κύμα εισβολέων, οι Δωριείς Έλληνες, αφού κατέστρεψαν τις Μυκήνες στην κεντρική Ελλάδα, εγκαταστάθηκαν στο νησί γύρω στο 1100 π.Χ. Οι Δωριείς καθιέρωσαν ένα αριστοκρατικό τύπο πολιτεύματος κάτω από τη διακυβέρνηση τους. Η Κρητική κοινωνία χωρίστηκε σε τρεις κοινωνικές τάξεις: τους ελεύθερους πολίτες, που υπέκυψαν στους εισβολείς, τους γαιοκτήμονες, που κράτησαν τη γη τους και πλήρωναν υπερβολικούς φόρους και τους σκλάβους. O περίφημος Νομικός Κώδικας της Γόρτυνας δείχνει την απόλυτη εξουσία των κυβερνώντων σε όλους τους τομείς της ζωής.

Ο Μινωικός πολιτισμός συνέχισε να ακμάζει σε κάποιες απομονωμένες πόλεις και χωριά, ιδιαίτερα στο ανατολικό μέρος της Κρήτης. Πόλεις όπως το Καρφί στα βουνά του Λασιθίου, κατοικήθηκαν από τους Μινωίτες, οι οποίοι αποκαλούσαν τους εαυτούς τους Ετεοκρήτες (αληθινοί Κρήτες). Άλλες μεγάλες πόλεις,όπως η Πραισός στο Λασίθι συγκέρασαν σταδιακά το Μινωικό με τον Ελληνικό πολιτισμό. Η Πραισός διατήρησε τη δική της διάλεκτο (που δεν έχει αποκρυπτογραφηθεί ακόμα) και παρέμεινε ακμαία μέχρι τον 3ο αιώνα π.Χ.

Για κάποια περίοδο γύρω στον 7ο αιώνα π.Χ. η Κρήτη έγινε ένα σημαντικό κέντρο για την Ελλάδα, αλλά παρήκμασε και πάλι όταν μεγαλύτερη έμφαση για τον Ελληνικό Πολιτισμό δόθηκε στα κέντρα της Αθήνας, της Σπάρτης και της Μακεδονίας.

Οι Κρητικές πολιτείες, όπως η Λατώ, η Γόρτυνα, η Πραισός, η Ίτανος, η Κυδωνία, η 'Απτερα και η Κνωσός είχαν συνεχείς διαμάχες μεταξύ τους και πόλεμοι μεταξύ των πόλεων διεξάγονταν συνεχώς σ' ολόκληρο το νησί. Όταν όμως κάποιος εξωτερικός εχθρός έκανε την εμφάνισή του, οι κάτοικοι του νησιού τον αντιμετώπιζαν ενωμένοι. Παρ' όλα αυτά το νησί έπεσε στα χέρια των Ρωμαίων το 69 π.Χ..