Το χωριό απέχει 20 χιλιόμετρα δυτικά από το Ηράκλειο στο εθνικό δρόμο Ηρακλείου - Ρεθύμνου. Η Αγία Πελαγία βρίσκεται στη θέση μιας αρχαίας Ελληνικής πόλης. Δεν είναι ξεκάθαρη ποια ακριβώς αλλά μια υπόθεση λέει ότι μπορεί να ήταν η Απολλώνια, η πόλη που καταστράφηκε από τους Κυδωνιάτες το 171 π.Χ. Το όνομα Αγία Πελαγία προέρχεται από το μοναστήρι της Αγίας Πελαγίας που βρίσκεται 1 χιλιόμετρο δυτικά από τον κόλπο. Στον τοίχο του παλιού μοναστηριού υπάρχει μια παράσταση με δυο ασπίδες κι ανάμεσα τους ένα οικόσημο.