Υπάρχουν περισσότερα από 2.000 εντυπωσιακά στην πλειοψηφία τους σπήλαια στο νησί, αρκετά από τα οποία χρησιμοποιήθηκαν στα αρχαία χρόνια. Υπάρχουν μερικά μάλιστα που εικάζεται ότι ήταν σε χρήση γύρω στο 3000 π.Χ.. Η σπηλιά Ειλειθυΐα ήταν χώρος λατρείας αφιερωμένος στη Θέα των τοκετών Ειλειθυΐα. Απολιθώματα που βρέθηκαν στον χώρο αυτό μας παραπέμπουν στη Νεολιθική εποχή. Ένα άλλο σπήλαιο, το Δικταίο Άντρο στο οροπέδιο του Λασιθίου είναι, σύμφωνα με τη μυθολογία, ο τόπος γέννησης του Δία. Κατά το μύθο, ο Δίας έμεινε στο Ιδαίο Άντρο, στον Ψηλορείτη μέχρι την ενηλικίωσή του. Μια άλλη σπηλιά, το Μελιδόνι, ήταν ο τόπος που εκτυλίχθηκε ένα τραγικό επεισόδιο κατά τη διάρκεια του αγώνα για την Κρητική ανεξαρτησία. Το 1824, 300 χωρικοί διωκόμενοι από τις Τουρκικές δυνάμεις βρήκαν καταφύγιο σ΄ αυτή τη σπηλιά. Όταν αρνήθηκαν να βγουν έξω, οι Τούρκοι οχύρωσαν το άνοιγμα της σπηλιάς με εύφλεκτα υλικά και τα πυροδότησαν, με συνέπεια να μην επιζήσει κανένας από τους χωρικούς. Το σπήλαιο Σεντόνι κοντά στην αρχαία Αξό είναι ένα από τα πιο όμορφα στην Κρήτη. Το σπήλαιο του Αγίου Ιωάννη έιναι το μέρος που ο Άγιος έζησε και πέθανε.