Ο πρώτος αρχιτεκτονικός ρυθμός Βυζαντινών εκκλησιών αναπτύχθηκε κατά τη διάρκεια των πρώτων χρόνων της Αυτοκρατορίας (4ος - 6ος αιώνας μ.Χ.) και ονομαζόταν τρίκλιτη Βασιλική. Ήταν ένα ορθογώνιο δωμάτιο, με μήκος συνήθως διπλάσιο του πλάτους του, το οποίο χωριζόταν σε τρία τμήματα ή κλίτη κατά μήκος της μεγαλύτερης διάστασής του. Το κεντρικό κλίτος ήταν συνήθως πλατύτερο και ψηλότερο από τα δυο άλλα, επιτρέποντας στο φως να διαχέεται στο εσωτερικό από κάποια παράθυρα. Συχνά υπήρχαν τρεις πόρτες στη μια πλευρά της εκκλησίας ως είσοδοι για το κάθε κλίτος. Τα κλίτη χωρίζονταν με καμάρες και μαρμάρινες κολόνες, οι οποίες συχνά διακοσμούνταν με κιονόκρανα. Το πάτωμα ήταν συνήθως πολύχρωμο μωσαϊκό από πετραδάκια που σχημάτιζαν απλά σχέδια. Η θέση του ιερέα βρισκόταν στο τέρμα του κεντρικού κλίτους απέναντι από τις εισόδους. Σε μερικές περιπτώσεις υπήρχε ένα τέταρτο κλίτος, κάθετα τοποθετημένο στα τρία άλλα μπροστά από το βήμα του ιερέα. Άλλες φορές ένα μικρότερο κλίτος ή ένα ξεχωριστό δωμάτιο κατασκευαζόταν αμέσως μετά την είσοδο, κάθετα στα τρία κλίτη (προθάλαμος ή νάρθηκας). Αυτός ήταν ο χώρος απ' όπου τα αβάπτιστα άτομα μπορούσαν να παρακολουθούν τη λειτουργία.

Ερείπια περισσότερων από 40 βασιλικών έχουν βρεθεί στην Κρήτη. Μια από τις παλαιότερες τρίκλιτες βασιλικές εκκλησίες στην Κρήτη είναι η Παναγία η Παλιανή στο Βενεράτο, στην οποία έχουν γίνει αναφορές από το 668 μ.Χ. με το χαρακτηρισμό Παλαιά. Σε κάποια σημεία διακρίνονται κιονόκρανα από μαρμάρινες κολόνες παλαιότερων κτιρίων. Μια άλλη παλιά βασιλική με μαρμάρινα κιονόκρανα από παλαιότερα κτίρια είναι η εκκλησία του Αγίου Παντελεήμονα στο Μπιτζαριανό (Πηγή) Πεδιάδας. Μωσαϊκά πατώματα βασιλικών με αναπαραστάσεις ψαριών υπάρχουν στην Ελούντα Λασιθίου και με αναπαραστάσεις πουλιών στη Σούγια Σελίνου.

Η τρίκλιτη βασιλική του Αγίου Ιωάννη στο Λιλιανών Πεδιάδας έχει ένα δωμάτιο αμέσως μετά την πόρτα κάθετο στα τρία κλίτη (νάρθηκας).

Η βασιλική στην Πάνορμο Μυλοποτάμου, από την οποία σώζονται μόνο ερείπια, έχει ένα τέταρτο κλίτος κάθετο στα τρία άλλα που βρίσκεται στην πλευρά της εκκλησίας απέναντι στην είσοδο. Το κλίτος αυτό εκτείνεται σε πλάτος πέρα απ' τα τρία άλλα σχηματίζοντας ένα Τ. Υπάρχουν απομεινάρια αρχαίων βασιλικών στο Βιζάρι, Αμάρι, και στην Ίτανο, Σητεία.