Οι γνήσιες Βενετικές εκκλησίες είναι περιορισμένες λόγω του μικρού αριθμού Βενετών που διάβαιναν στην Κρήτη. Περιλαμβάνουν μερικές μεγάλες εκκλησίες στις κυριότερες πόλεις, μερικές εκκλησίες μοναστηριών σε πόλεις, μερικά ιδιωτικά παρεκκλήσια και κάποιες εκκλησίες στα κάστρα κατά μήκος του νησιού.

Ανάμεσα στις καθαρά Καθολικές εκκλησίες της Βενετικής εποχής, η εκκλησία του Αγίου Μάρκου στο Ηράκλειο ήταν η πιο σημαντική, στην οποία μάλιστα πραγματοποιούνταν επίσημες τελετές. Χτίστηκε το 1240, καταστράφηκε το 1303 από ένα μεγάλο σεισμό και ξαναχτίστηκε αργότερα. Το μοναστήρι του Αγίου Φραγκίσκου, που χτίστηκε γύρω στο 1390 και η Μεταμόρφωση του Χριστού (που μετατράπηκε αργότερα στο τζαμί της Βελιδέ Σουλτάνας) συγκαταλέγονται ανάμεσα στις καλύτερες Βενετικές εκκλησίες του Ηρακλείου. Η εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου στα Χανιά είναι ακόμα και σήμερα πολύ επιβλητική. Σήμερα στεγάζει το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων. Η εκκλησία του Αγίου Νικολάου στα Χανιά ήταν κομψή και ευρύχωρη, αλλά σήμερα σώζονται ελάχιστα υπόλοιπα από το αρχικό κτίριο. Έξω από την εκκλησία, στη βόρεια πλευρά της, υπάρχει ένας μακρύς σκεπαστός χώρος (θολωτό). Οι εκκλησίες του San Rocco και του San Salvadore και το παρεκκλήσι Ρενιέρ αποτελούν παραδείγματα μικρότερων Βενετικών εκκλησιών μέσα στην πόλη των Χανίων. Στο κάστρο της Γραμβούσας υπάρχει η μικρή εκκλησία της Παναγίας της Ευαγγελίστριας που χτίστηκε το 1584.