Οι Μινωίτες έχτισαν νέα παλάτια στην Κνωσό, τη Φαιστό και τα Μάλια αμέσως μετά την καταστροφή του 1700 π.Χ. Πολλά άλλα μικρότερα παλάτια έκαναν την εμφάνισή τους την ίδια περίοδο. Το πιο σημαντικό είναι αυτό της Ζάκρου, στην ανατολική Κρήτη. Στα μικρότερα παλάτια συγκαταλέγονται αυτά στην Αγία Τριάδα, στις Αρχάνες, στην Αμνισό και τα ακόμα μικρότερα που βρέθηκαν κοντά στην Κνωσό και τα Μάλια.

Τα νέα παλάτια ήταν λαμπρά και σημείωναν τα χρυσά χρόνια του Μινωικού πολιτισμού. Το παλάτι της Κνωσού υπολογίζεται ότι είχε 1.500 δωμάτια. Τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά των παλατιών ήταν ότι είχαν μεγάλες κεντρικές αυλές, μεγάλες σκάλες που συνέδεαν τα πολλά επίπεδα (πάνω από πέντε), πολυάριθμες χρωματισμένες ξύλινες κολόνες με κιονόκρανα (προάγγελοι των μαρμάρινων Ελληνικών κολόνων με τα κιονόκρανα που εμφανίστηκαν μια χιλιετία αργότερα). Οι ξύλινες κολόνες ήταν φτιαγμένες από κομμένους κορμούς δέντρων, αναποδογυρισμένους, έτσι ώστε το κιονόκρανο να είναι τοποθετημένο στη φαρδύτερη κορυφή του κορμού του δέντρου. Ο Κρητικός αλάβαστρος χρησιμοποιήθηκε εκτεταμένα για την κατασκευή των τραπεζιών, των προσόψεων των κτιρίων και του θρόνου. Οι πολλές πανέμορφες, πολύχρωμες ζωγραφιές στους τοίχους έδιναν ξεχωριστή λαμπρότητα. Το πλούσιο φως από την εσωτερική αυλή, τα παράθυρα και τις πόρτες καθώς και τα λαμπερά χρώματα στις ζωγραφιές έκαναν το παλάτι ένα ξεχωριστό και αξιαγάπητο κέντρο.

Σ' ολόκληρο το παλάτι υπήρχαν διακοσμήσεις με διπλούς πέλεκεις και κέρατα ταύρων. Πιστεύεται ότι ο μυστικός λαβύρινθος ήταν το παλάτι της Κνωσού όπου υπήρχαν πολλοί διπλοί πέλεκεις κι ο μεγάλος αριθμός των διαδρόμων στα πλάγια προκαλούσε σύγχυση στον επισκέπτη και τον έκανε να χάνει τον προσανατολισμό του.

Τα παλάτια της Νεοανακτορικής περιόδου ήταν κέντρα παραγωγής αγαθών κι εμπορίου. Εργαστήρια χαρακτικής λίθων, κεραμικών και σφραγιδοποιείας υπήρχαν κοντά στις αποθήκες, όπου φυλάσσονταν τα αγροτικά προϊόντα σε μεγάλα πιθάρια. Ο δρόμος από το λιμάνι της Κνωσού οδηγεί στη βόρεια πλευρά του παλατιού, όπου υπήρχε μια εντυπωσιακή είσοδος με διπλές πόρτες, προσωρινούς αποθηκευτικούς χώρους και μεγάλα δωμάτια. Εδώ γινόταν ένας συστηματικός έλεγχος των προϊόντων, ανάλογα με ότι γίνεται σε ένα σύγχρονο τελωνείο.

Ένα μεγάλο τμήμα των παλατιών ήταν αφιερωμένο στα βασιλικά διαμερίσματα και στη λατρεία των θεών και των θεοτήτων. Οι άνθρωποι έδιναν προσφορές που καταχωρούνταν σε λίστες κι αποθηκευόταν σε διάφορα μέρη μέσα στο παλάτι. Ειδικές τελετές προσφοράς αίματος (συνήθως ταύρου) λάβαιναν χώρα με την παρουσία λίγων ιερέων και του βασιλιά, ως αρχιερέα. Άλλες θρησκευτικές τελετές γινόταν στις κεντρικές αυλές με συμμετοχή πολλών πολιτών.

Τα νέα παλάτια καταστράφηκαν γύρω στο 1450 π.Χ. Πολλοί συσχετίζουν την καταστροφή με έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας. Τα παλάτια, με εξαίρεση αυτό της Κνωσού, εγκαταλείφτηκαν και δεν επισκευάστηκαν.

Μετά το 1450 π.Χ., στη Κνωσό φάνηκαν σημάδια εξωτερικών επιδράσεων που εκφράστηκαν με ένα νέο κώδικα γραφής (Γραμμική Β) και ένα νέο στυλ κεραμικών που δεν βρέθηκε πουθενά αλλού (στυλ παλατιού). Όμως η τελειωτική καταστροφή της Κνωσού συνέβη γύρω στα 1400 π.Χ.. Μερικά μικρότερα παλάτια στην Αγία Τριάδα και στην Τύλισο χτίστηκαν κατά την Υστεροανακτορική περίοδο.