Η εποχή από το 2000 π.Χ. μέχρι το 1450 π.Χ. υπήρξε η ακμή του Μινωϊκού πολιτισμού και χαρακτηρίζεται από το κτίσιμο των μεγάλων παλατιών. Μεγάλες πόλεις ανακαλύφτηκαν γύρω από τα μεγάλα παλάτια της Κνωσού, των Μαλίων και της Ζάκρου. Γύρω από το παλάτι της Κνωσού υπήρχε μια πόλη της οποίας ο πληθυσμός πλησίαζε τους 100.000 κατοίκους, μαζί με τον πληθυσμό που κατοικούσε στα λιμάνια της, ένας αριθμός εντυπωσιακός γι' αυτήν την περίοδο.

Για την ολοκλήρωση των μελετών της ζωής των Μινωιτών ιδιαίτερα σημαντικοί είναι οι οικισμοί στα Γουρνιά, στις Ψείρες και στο Παλαίκαστρο. Η πόλη του Παλαίκαστρου (ένα Μινωικό λιμάνι στην ανατολική Κρήτη) ερχόταν δεύτερη σε μέγεθος μετά την Κνωσό και ήταν αξιοσημείωτα μεγαλύτερη από τις πόλεις γύρω από τα άλλα παλάτια. Σε μερικούς οικισμούς, τα σπίτια ήταν διακοσμημένα εξίσου όμορφα με αυτά της Κνωσού και οι τοιχογραφίες ήταν και αυτές ανάλογης ποιότητας. Αρκετοί ακόμα Μινωικοί οικισμοί που έχουν ανακαλυφθεί χρονολογούνται στη Νεοανακτορική περίοδο.

Κατά τη Νεοανακτορική περίοδο (1700 -1450 π.Χ.) υπήρξαν και αρκετές επαύλεις στην επαρχία της Κρήτης. Η λειτουργία τους δεν είναι ξεκάθαρη αλλά είναι πιθανό ότι είχαν κάποιες υποχρεώσεις προς τους βασιλιάδες. Τα οικήματα ήταν μεγάλα υπερβαίνοντας συχνά τα 30 ή και 50 δωμάτια. Συχνά, εργαστήρια κεραμικής αποτελούσαν μέρος των σπιτιών. Παραδείγματα τέτοιων επαύλεων υπάρχουν στο Ζου, στην Ζάκρο, στο Σκλαβόκαμπο και στο Χάνι του Νήρου (Κοκκίνη Χάνι).