Ένας άλλος ρυθμός αρχιτεκτονικής αναπτύχθηκε αργότερα όταν η Βυζαντινή Αυτοκρατορία δεχόταν επιθέσεις από τους Σταυροφόρους, τους Άραβες και τους πειρατές. Αποτελούνταν απλά από ένα μοναδικό ορθογώνιο δωμάτιο (μονόχωρη). Η μεγάλη πλειοψηφία των εκκλησιών στην Κρήτη είναι χτισμένες σύμφωνα μ' αυτό το ρυθμό. Αυτές οι εκκλησίες είναι συχνά πολύ μικρές και δεν έχουν επιβλητική εξωτερική εμφάνιση. Πάντως οι προσεκτικά επιλεγμένες τοποθεσίες τους, που συχνά παρέχουν καταπληκτική θέα και οι τοιχογραφίες στο εσωτερικό τους αποζημιώνουν πλουσιοπάροχα τον επισκέπτη.

Παραδείγματα τέτοιων εκκλησιών στην Κρήτη είναι ο Άγιος Στέφανος στη Δρακόνα Κισσάμου (9ος αιώνας), η Παναγία στη Γωνιά Κισσάμου (12ος αιώνας), η μονόκλιτη εκκλησία του Αγίου Νικολάου στον Άγιο Νικόλαο (8ος αιώνας) που είναι και με τρούλο, ο Αφέντης Χριστός στις Ποταμιές, η Παναγία στον Άγιο Ιωάννη στα Σφακιά, ο Άγιος Γεώργιος στους Κομητάδες, ο Άγιος Άντώνιος στο Αβδού, ο Άγιος Γεώργιος στο Αποδούλου, η Παναγία στον Αλίκαμπο, ο Μιχαήλ Αρχάγγελος στις Αρχάνες, η Άγια Πελαγία στο Άνω Βιάννος και οι Άγιοι Απόστολοι στις Λίθινες.