Ο ρυθμός των εκκλησιών που χτίστηκαν κατά τη διάρκεια της Βενετοκρατίας συνέχισε να χρησιμοποιεί απαράλλαχτη τη μεγάλη παράδοση της Βυζαντινής αρχιτεκτονικής.

Η περιστασιακή επιρροή της Δύσης ήταν εμφανής μόνο στα εξωτερικά χαρακτηριστικά που απόχτησαν πιο Γοτθικό στυλ με βαρύτερη εμφάνιση στην πρόσοψη ενώ επίσης προστέθηκε και καμπαναριό. Οι διακοσμήσεις στις εξωτερικές πόρτες και τα παράθυρα έγιναν κι αυτές πιο περίτεχνες.

Παραδείγματα τέτοιου στυλ εκκλησιών αποτελούν η εκκλησία της Μονής Αρκαδίου στο Ρέθυμνο και οι εκκλησίες των μοναστηριών Αγία Τριάδα και Γουβερνέτο στο Ακρωτήρι Κυδωνίας. Περίτεχνες πόρτες και παράθυρα στολίζουν πολλές εκκλησίες που χτίστηκαν εκείνη την εποχή, όπως για παράδειγμα η εκκλησία του Αγίου Φανουρίου της Μονής Βαλσαμόνερου και η εκκλησία της Παναγίας στο Δρακόνερο, στον Πρίνο Ρεθύμνου και η εκκλησία της Παναγίας στο Θρόνο Αμαρίου. Η εκκλησία των Αγίων Αποστόλων στα Σφακιά καθώς και μερικές άλλες χτίστηκαν έτσι ώστε οι τρεις άκρες του σταυρού ήταν στρογγυλεμένες, επιστρέφοντας στην παμπάλαια παράδοση των πρώτων Βυζαντινών εκκλησιών όπως ο Άγιος Τίτος στη Γόρτυνα.