Η μεγάλη πλειοψηφία των εκκλησιών στην Κρήτη είναι χτισμένες με υλικά που βρέθηκαν κοντά στο χώρο που χτίστηκαν. Δομικά υλικά από άλλες, παλαιότερες εκκλησίες ή αρχαίους Ελληνικούς ή Ρωμαϊκούς ναούς χρησιμοποιούνταν συχνά. Σε μερικές περιπτώσεις ο ίδιος χώρος χρησιμοποιήθηκε σα Μινωικό Ιερό, μετά σαν Ελληνικός ναός και τέλος σα Χριστιανική εκκλησία. Η εκκλησία της Παναγίας στο Θρόνο Αμαρίου αποτελεί παράδειγμα εκκλησίας που χτίστηκε στο μωσαϊκό πάτωμα μιας προηγούμενης Βυζαντινής εκκλησίας. Η εκκλησία του Αγίου Ιασάτου στον Άγιο Θωμά Μονοφατσίου έχει χτιστεί σ' ένα μεγάλο λαξευτό βράχο και η αυλή της είναι στο χώρο που καταλάμβανε ένας ναός της Ελληνιστικής περιόδου. Η εκκλησία του Αγίου Κυρηκού στη Λισσό Σελίνου έχει χτιστεί πάνω από μια παλαιότερη βασιλική του πέμπτου ή έκτου αιώνα και έχει χρησιμοποιήσει δομικά υλικά (όπως κομμάτια μαρμάρου) από ένα ναό παλαιότερης περιόδου. Οι εκκλησίες του Αϊ Γιάννη - Κυρ Γιάννη στον Αλικιανό Κυδωνίας, του Αγίου Παντελεήμονα στο Μπιτζαριανό (Πηγή) Πεδιάδας και της Παναγίας της Παλιανής στο Βενεράτο έχουν χρησιμοποιήσει κιονόκρανα από κολόνες ναών παλαιότερων εποχών.