Στα νότια του Κήπου βρίσκεται το Ιστορικό Μουσείο και Αρχείο στο οποίο παρουσιάζεται μία πλούσια συλλογή από εκθέματα που είναι αντιπροσωπευτικά της ιστορίας της Κρήτης. Τα αρχεία του περιέχουν ένα πλατύ φάσμα ιστορικών συλλογών, όπως αλληλογραφία και παλιά ντοκουμέντα.

Το Μουσείο έχει δύο ορόφους με εκθέματα. Ο πρώτος είναι αφιερωμένος στον Ελευθέριο Βενιζέλο, ενώ ο δεύτερος περιέχει συλλογές από δείγματα Βενετικής επίπλωσης, μια συλλογή από δείγματα παραδοσιακής τέχνης, φορεσιές και αρχεία.