Το ανδρικό αυτό μοναστήρι, αφιερωμένο στην Ανάληψη της Θεοτόκου, είναι ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια της Κρήτης. Χειρόγραφα που βρίσκονται στο Βρετανικό Μουσείο Ιστορίας, χρονολογούμενα από 1559, αποδεικνύουν ότι είχε μια σημαντική βιβλιοθήκη. Κατά τη διάρκεια της Βενετοκρατίας η Μονή Αγκάραθου και το Μοναστήρι της Αγίας Αικατερίνης στο Ηράκλειο ήταν κέντρα εκπαίδευσης στα οποία φοίτησαν σπουδαίοι επιστήμονες. Το όνομα του μοναστηριού προέρχεται από την Αγκαραθιά, που σημαίνει φασκόμηλο της Ιερουσαλήμ, γιατί πιστεύεται ότι μια εικόνα της Παναγίας βρέθηκε σ' αυτό το σημείο κάτω από ένα θάμνο φασκομηλιάς της Ιερουσαλήμ. Η εκκλησία του μοναστηριού είναι αφιερωμένη στην Παρθένο Μαρία.

Όταν οι Τούρκοι κατέλαβαν το νησί η εικόνα της Παναγίας κι άλλα ιερά αντικείμενα στάλθηκαν μ' ένα ηγούμενο στα Κύθηρα για προστασία. Πολλές επιγραφές στο μοναστήρι χρονολογούνται από τη Βενετοκρατία αν και η σημερινή εκκλησία είναι καινούργια. Ο δρόμος από την Αγκάραθο συνεχίζει προς Επισκοπή.