Gouverneto est l'un des plus ancien monastère de Crète, et date du douzième siècle. A côté du monastère, il y avait la petite église de la Panagia de Gouverneto d'où vient le nom de Gouverneto. Le monastère est construit en forme de forteresse avec des tours à chaque angle, pour le protéger des attaques.

L'église centrale de Gouverneto est dédiée à la Présentation de la Vierge. L'église est d'architecture cruciforme sans dôme, avec un groupe de grandes narthex à angles droits devant l'aile principale de l'église. L'église a un plafond voûté et des tourelles à chaque angle, pour se défendre des agresseurs. De fines sculptures décorent la façade, typiques de l'influence Baroque dans les dessins extérieurs des églises durant la période Vénitienne. Le Saint patron de la plus petite chapelle est Agios Ioannis Xenos (St. Jean l'Ermite), fondateur du monastère.

Durant la Révolution Grecque de 1821, les Turcs saccagèrent le monastère. Plusieurs moines perdirent leur vie, et les archives du monastère furent détruites. Plus tard, durant la Deuxième Guerre Mondiale, le monastère souffrit avec les Crétois, quand les forces Allemandes y établirent une maison de la garde. Encore une fois, les envahisseurs pillèrent et endommagèrent le monastère.