Agia Pelagia se trouve à 20km à l'ouest d'Iraklion, sur la grande route Iraklion - Rethimnon. Agia Pelagia est le site d'une ancienne cité Grecque. L'on ne sait pas exactement quelle ville c'était, mais l'on suppose que c'était Apolonia, la ville qui fut détruite par les Kydonians en 171 av. J.C.. Le nom Agia Pelagia puise son origine du Monastère d'Agia Pelagia, qui se trouve approximativement à 1km à l'ouest de la baie. Sur le mur de l'ancien monastère, il y a deux boucliers en relief et entre les deux, des armoiries.