Les Arabes Sarrasins conquirent l’île en 824 ap. J.C., détruisant la capitale Gortyn et en construisant une nouvelle sur le site d’Iraklion d’aujourd’hui. Ils creusèrent un fossé (Khandak), tout au tour de la ville, et la nommèrent El Khandak.

Ainsi commença un siècle et demi de gouvernement Arabe. La Crète devint le centre des pirates Sarrasins dans la Méditerranée orientale. La population native Chrétienne fut persécutée, mais continua à survivre, particulièrement dans les régions montagneuses.