Ce ne fut qu’en 961 ap. J.C. que le général Byzantin Nikiforos Fokas libéra la Crète des Arabes. Après un siège de 4 mois, Iraklion tomba aux mains des Byzantins, avec des pertes Arabes estimées à 200.000 hommes. Nikiforos Fokas construisit le Château Byzantin de Temenos (Kanli Kastelli), au même endroit, en 961, quand il libéra l’île des Sarrasins. Son objectif était de transférer la ville de Hantaka (Iraklion) dans le Château de Temenos. Cependant, cela ne se réalisa pas et la ville resta là où elle était. Le Christianisme fleurit encore une fois et Iraklion devint le siège d’un archevêché. Pendant cette période, de nouvelles églises et monastères furent construits dans toute la Crète. Quelques-unes de ces églises tels que: la Panagia Kera à Kritsa; la Rotonde de Michael Archangelos, Episkopi; Ai Yannis Kyr-Yannis, Alikianos; Agios Nikolaos, Kyriakoselia; Agios Fanourios de Moni Varsamonerou; Agios Pandeleimonos, Pigi; et Agios Fanourios, Kitharida. Quelques-uns des monastères importants de cette période sont: Moni Arkadiou, Moni Palianis, Moni Gouverniotissa, Moni Agias Triadas, Moni Gouvernetou, Moni Vrondisi, Moni Agarathou, Moni Toplou, Moni Halepa, et Moni Preveli.

Par ailleurs, pendant cette époque-là, des nobles familles Byzantines vinrent s’établir en Crète, ainsi que plusieurs troupes du général Fokas et construisirent de nouveaux villages.