Il existe encore à Rethimnon, plusieurs mosquées Turques attrayantes. La Mosquée Neratze est utilisée comme Eglise de Sainte Marie. Elle a le minaret le mieux conservé de Rethimnon. La Mosquée de Veli Pasa a aussi été construite par-dessus une église (Agios Onoufrios) et déploie des traits structurels uniques. La Mosquée Kara Musa et la Mosquée Ibrahim Han (cathédrale Vénitienne convertie) sont aussi remarquables.

La Mosquée des Janissaires se trouve dans le port de Chania et fut construite en 1645, quand les Turcs prirent la vile.

Il y a plusieurs minarets sur l’île.