Agia Varvara se trouve à 30km au sud-ouest d'Iraklion et est un important carrefour de la plaine de Mesara et au sud des montagnes Psiloritis vers Rethimnon. Les excursions d'Iraklion vers les importants sites archéologiques de Mesara passent par Agia Varvara. Les villes fréquentées de Matala et Agia Galini, qui peuvent être utilisées comme points de base pour les excursions à Mesara, se trouvent à l'ouest d'Agia Varvara (Agia Varvara - Agii Deka - Mires - Matala ou Agia Varvara - Agii Deka - Mires - Timbaki - Agia Galini).