La Crète fut menacée constamment par l’invasion des Turcs pendant les dernières années de l’occupation Vénitienne. L’invasion commença en 1645, avec l’offensive de Chania. Soixante milles troupes Turques débarquèrent d’une flotte de 400 bateaux et Chania rapidement, tomba entre leurs mains. Rethimnon fut le but suivant et en 1646, elle fut, aussi, occupée par les Turcs. Dès 1648, l’Empire Ottoman contrôlait la Crète, à l’exception d’Iraklion, où le siège dura vingt-et-un ans. Finalement, le 27 septembre 1669, Iraklion se rendit. Cette longue bataille causa la mort de 117.000 Turcs et de presque 30.000 Crétois et Vénitiens.

Une destruction matérielle incroyable suivit la conquête. Des églises furent démolies et d’autres furent transformées en mosquées et des routes et des fortifications tombèrent en ruines.

Plusieurs habitants de l’île quittèrent la Crète, afin d’éviter la persécution des Ottomans, alors que des milliers d’autres furent faits prisonniers ou se réfugièrent sur les montagnes. Un grand nombre de colons Turcs arrivèrent et augmentèrent la misère de la population Chrétienne. Les Crétois furent imposés plus lourdement que les autre régions de l’Empire. Des cultivateurs devinrent serfs et la propriété privée fut saisie.

Ces conditions d’esclavage causèrent des soulèvements constants contre le joug Turc. Daskaloyannis dirigea la première grande rébellion en 1770, qui fut d’abord réussie, mais, ensuite, malheureusement écrasée par les forces Turques. Plusieurs représailles contre la population Chrétienne la suivirent et encore plus de soulèvements.

En 1821, quand commença la Guerre d’Indépendance Grecque, la participation Crétoise fut importante. Les Turcs demandèrent l’aide du Pacha d’Egypte et des campagnes violentes écrasèrent la résistance de l’île. En 1832, un état Grec fut établi, qui, cependant, ne comprenait pas la Crète. L’île fut donnée aux Egyptiens, en remerciement pour leur aide.

Aidée par des volontaires et des renforcements de la Grèce libre, la "Grande Révolution Crétoise" commença en 1866. Les rebelles marquèrent plusieurs victoires. Cependant, alors que toujours plus de forces Turques arrivaient sur l’île, les représailles contre les non-combattants devinrent de plus en plus communes. L’holocauste du Monastère d’Arkadi (Moni Arkadiou) en 1666, est un symbole tragique de la lutte de la Crète pour l’indépendance. Des centaines de femmes et d’enfants se réfugièrent au monastère et refusant de se rendre aux forces Turques firent sauter les poudrières, en s’enterrant de cette manière, ainsi que 1.500 soldats Turcs, sous les pierres.

Finalement, après plusieurs années de luttes, les Grandes Puissances (l’Angleterre, la France, l’Italie et la Russie) décidèrent que les Turcs ne devaient plus contrôler l’île et intervinrent pour expulser les forces Turques sen 1898, ce qui permit la formation de la République Indépendante de Crète.