Nous ne savons pas si les Minoens croient en un seul dieu ou déesse avec plusieurs manifestations, ou en plusieurs dieux et déesses. Il apparaît, cependant, que dans la religion des Minoens, le cycle végétal était primordial. Dans leur religion, il y avait une déesse et un dieu qui étaient mariés. Le Jeune Dieu, tout comme la végétation, mourait et renaissait chaque année. La déesse apparaît plus souvent dans des dessins et est présentée comme une déesse Arbre, une déesse Serpent, une déesse Colombe, une déesse Coquelicot, une déesse de la Mer, voyageant dans son bateau, une déesse de Pointe de Montagne, une déesse Maîtresse des Animaux et une déesse Mère. Le Jeune Dieu représente un Dompteur de Bêtes Sauvages ou un Guerrier. Plusieurs de ces qualités étaient transmises à différents dieux du panthéon Grec, comme c'est le cas avec Zeus, qui, selon les Crétois, mourait et renaissait chaque année. Les noms des dieux Grecs apparaissent dans les tablettes de Linéaire B de Knossos, de l'époque Postpalatiale, mais la religion Minoenne dominait sur l'île à cette période. Dans certains cas, la religion Minoenne survécut même aux périodes Grecques, personnifiée par de nouveaux dieux, comme c'est le cas avec la déesse Vritomartis et Dictina du panthéon Grec, qui, cependant, sont des manifestations de la déesse de la Terre Mère.

Les dieux et déesses étaient étroitement associés au roi et à la reine. Le dieu mâle était associé au soleil et la déesse à la lune. Certains animaux - tels que le boeuf, la chèvre sauvage et le serpent - avaient une signification sacrée pour les Minoens. Le serpent était un esprit bénéfique et protégeait la maison. Les cornes de taureau et les double haches sont des symboles sacrés et apparaissant, partout, dans les palais. La signification de la double hache consiste en ce qu'elle était utilisée pour sacrifier des taureaux à la divinité. D'autres symboles sacrés comprennent un noeud, le signe huit, symbole de l'éternité, le symbole d'une croix dans une roue (disque) et le symbole d'un arbre sacré.

Les lieux de culte de la Crète Minoenne étaient dans des grottes, au sommet des montagnes, dans de petits temples de famille et dans des ailes spéciales des palais. Le culte souvent consistait à faire des offrandes au dieu, telles que des céréales, des figurines, des reproductions d'animaux, des haches doubles, des armes et de la poterie. De telles offrandes ont été retrouvées dans plusieurs grottes de Crète. Les grottes de Trapeza et Psychro, sur le plateau de Lassithi, sont des exemples qui démontrent que les cultes dans les grottes avaient leu. Les légendes Grecques, plus tard, disaient que la Mère Déesse Rhea cacha le Jeune Dieu (les Grecs l'appelèrent Zeus), dans la grotte de Psychro (Dicteon Andron), apparemment en associant un lieu de culte et religion Minoens avec un dieu récent. D'autres grottes Minoennes importantes, qui ont une signification religieuse, sont les grottes de Kamares, sur la face sud du Psiloritis et les grottes de Skotino et Eilithia, près d'Iraklion et de Spileo Ideon Andron, Oropedio Nida.

Les Sanctuaires des Sommets se trouvaient au sommet des montagnes ou des collines et étaient disposés en une série de terrasses, de manière à accommoder tous les gens qui allaient venir les jours de culte. De grands feux, pouvant être vus de très loin, étaient allumés et les gens jetaient diverses offrandes dans le feu. Des exemples de Sanctuaires des Sommets sont Karfi (au-dessus du plateau de Lassithi) Petsofas, près de Palaikastro, dans la Crète de l'est et le mont Youktas, près d'Iraklion.

Dans les palais, il y a des sections spéciales utilisées comme temples. Le temple tripartite se compose de trois petites pièces (la pièce centrale étant plus grande que les deux latérales). A l'extérieur, il y avait un endroit où l'on faisait les sacrifices. Il y avait des cryptes obscures, à des fins rituelles, dans presque toutes les colonies Minoennes. Des autels rectangulaires de pierre, où prenait place la combustion des offrandes, existaient dans tous les palais. Deux autels de ce genre existent, encore, à Festos et Vathipetro.

Les objets utilisées dans les cérémonies étaient: Des tables pour les offrandes, des vases avec deux ou trois compartiments, pour garder de petites quantités de céréales, d'autres produits agricoles, pour la bénédiction (kernos) et des vases spéciaux de diverses formes, avec deux trous, de manière à ce que l'offrande liquide jaillisse du trou le plus bas (rhyton). Quand les cérémonies avaient lieu en plein air, beaucoup de monde y assistait et le prêtre devait parler à travers une conquille de Triton, de manière à être entendu. La danse, les combats de taureaux et d'autres événements athlétiques faisaient, aussi, partie des cérémonies. Quelques statuettes d'argile, exposées au Musée d'Iraklion, représentent des danseurs. Une statuette d'argile, trouvée dans la tombe de Kamilari, représente des danseurs dansant en cercle et en se tenant par les épaules, comme dans les danses modernes Crétoises. Les combats de taureaux n'étaient pas fatals pour les taureaux, mais ils pouvaient l'être pour les athlètes! Dans le combat de taureau, l'athlète saisissait le taureau par les cornes et effectuait plusieurs sauts périlleux au-dessus de son cou. Certaines fresques et sculptures représentent de tels événements. La boxe, la lutte et le saut faisaient partie des événements athlétiques exécutés dans de telles cérémonies.