Le troisième type d’église, de style d’architecture Byzantin, fut créé au sixième siècle, durant le règne de Justinien. Cela commença par la construction de la Basilique Sainte Sophie (Agia Sofia) à Constantinople. Elle réunit les traits des deux autres styles de basilique. Le dôme était placé au sommet d’une construction rectangulaire, mais de manière à ce qu’elle puisse le soutenir, l’on a dû agrandir le bâtiment à angles droits de l’axe principal du rectangle. Cela donna à la construction la forme d’une croix, avec le dôme placé à l’intersection des deux lignes de la croix (architecture cruciforme ou stavroti). Cette forme architecturale de base a plusieurs variations, dépendant des dimensions relatives des deux lignes, leur emplacement relatif, les hauteurs relatives des deux parties rectangulaires, la forme de la fin des deux parties (ou plates ou renforcées pour former un abside), de la manière dont l’espace restant à l’extérieur des lignes de la croix est utilisé et le nombre et la forme des dômes soutenus.

En Crète, un premier exemple de style cruciforme ancien et un des plus importants restes du Christianisme, est l’église d’Agios Titos à Gortyn, dans la province Iraklion. Elle fut construite au septième siècle, ou plus tôt, et réunit la nouvelle forme cruciforme aux styles plus anciens. Plusieurs autres églises en Crète sont d’élégants exemples de l’architecture cruciforme. Par exemple, l’église de la Panagia Serviotisa (Stylos) et Ai Yannis Kyr-Yannis (Zoodohos Pigi) à Alikianos, Chania, qui furent construites au début de la seconde période Byzantine. L’église de Michael Archangelos, à Arkalohori (Monofatsi), a la forme d’une croix, sans dôme, et la nef est plus haute que le transept. L’église de la Panagia Gouverniotissa (à Potamies) et l’église de la Panagia à Drakonero, près de Prines, ont une architecture avec un dôme, à l’intersection de la nef et du transept. Souvent, la croix peut s’adapter dans un rectangle enclos, où l’espace restant est complètement rempli (une architecture de croix dans un rectangle), comme c’est le cas avec l’église de la Panagia Serviotissa à Stylos, ou avec Michael Archangelos d’Aradena (Sfakia). L’espace rempli du rectangle peut créer l’espace nécessaire pour une église en forme de basilique à trois parts, ou elle peut être allongée, dans ce cas, elle a l’air d’être d’une seule pièce à l’intérieur, comme c’est le cas d’Agios Nikolaos de Kyriakoselia. Dans certains cas, il peut y voir plus d’un dôme; par exemple, dans l’église d’Ai Yanni Kyr-Yannis d’Alikianos (Kydonia), il y en a deux, à Agios Fanourios de Kitharida (Malevizi) trois et à Saint Salvateur- Metamorphossis tou Sotira, Agios Nikolaos et Agios Dimitrios (Kounavi, Pediada) cinq.