Durant l’occupation Vénitienne, la grande tradition architecturale Byzantine pour la construction des églises, décrite plus haut, continua, inchangée. L’influence de l’Occident, était seulement évidente dans l’apparence extérieure, qui prit un style plus Gothique, avec une lourde représentation sur la façade et était ensuite complétée par un clocher. Des décorations plus embellies aux portes et fenêtres extérieures étaient aussi apparentes.

Des exemples de telles églises sont l’église du Monastère d’Arkadi (Rethimnon) et les églises des Monastères d’Agia Triada et Gouverneto à l’Akrotiri (Kydonia). Des portes et des fenêtres décorées firent leur apparition dans plusieurs églises construites à cette époque, comme c’est le cas avec Agios Faneromenos et le Monastère de Varsamonero, l’église de la Panagia à Drakonero, Prinos, Rethimnon et l’église de la Panagia à Thronos, Amari. L’église d’Agii Apostoli à Sfakia et quelques autres églises sont construites de manière à ce que les trois bouts de la croix soient ronds, retournant ainsi à la très vieille tradition des premières églises Byzantines, telle qui Agios Titos à Gortyn.