Il y a plus de 2.000 grottes en Crète. La plupart d’entre elles furent utilisées pendant des temps anciens, quelques-unes même en 3.000 av. J.C.. La grotte d’Eilithia (Spileo Eilithia) fut un centre de culte consacré à la déesse de l’enfantement, Eilithia. Des dépouilles trouvées à cet endroit remontent aux temps Néolithiques. Selon la légende, la grotte de Dikteon (Spileo Dikteon Andron), sur le plateau de Lassithi, est le lieu de naissance de Zeus. Zeus, pendant sa jeunesse, demeura dans la grotte d’Ideon (Spileo Ideon Andron), au mont Psiloritis. Une autre grotte, Spileo Melidoniou, fut le site d’un tragique épisode de la lutte pour l’indépendance de la Crète. En 1824, 300 villageois poursuivis par les troupes Turques, trouvèrent refuge dans la grotte. Comme ils refusaient d’en sortir, les troupes Turques bouchèrent l’entrée avec des matériaux combustibles et mirent le feu. Aucun villageois ne survécut. La grotte, Spileo Sendoni, dans l’ancien Axos, est l’une des plus belles de Crète. La grotte d’Agios Ioannis (Spileo Agiou Ioanni) est l’endroit où vécut et mourut le saint.