Selon la légende, la grotte d'Ideon était le lieu de naissance de Zeus. Dans le mythe, Rhea apporta l'enfant Zeus dans la grotte d'Ideon, pour le protéger de son père, Cronos, qui l'aurait avalé vivant, comme il avait fait auparavant avec ses frères et soeurs. C'est là qu'il fut élevé par la chèvre-nymphe Amalthia. Il fut protégé par les Curètes qui dansaient et heurtaient leurs lances pour couvrir les gémissements du bébé Zeus. Ce mythe sera controversé par ceux qui croient que Zeus fut élevé dans le Dikteon Andron, qui se trouve sur le plateau de Lassithi.

Dans une autre version du mythe, le bébé Zeus naquit dans la grotte de Dikteon Andron, tandis que plus tard, l'enfant Zeus fut élevé dans l'Ideon Andron parmi les bergers du plateau de Nida. Zeus est souvent appelé "Cretagenis", né en Crète. Selon les Crétois, Zeus n'était pas immortel, contrairement à la croyance classique Grecque; il mourait et renaissait chaque année. La tête de Zeus mort, peut être vue sur la crête du Mont Youktas, en-dehors d'Iraklion. Cette croyance des Crétois, continue la tradition de l'ancienne religion Minoenne (dans laquelle le Jeune Dieu mourait et renaissait chaque année) dans la religion Grecque.

Historiquement, il est clair que les deux grottes, celle du plateau de Lassithi et celle de Nida étaient des Sanctuaires durant les époques Minoenne et Grecque antérieure. La grotte de Trapeza à Lassithi fut utilisée très tôt à l'époque Minoenne, mais plus tard, elle perdit sa signification et la grotte de Psychro prit sa place, également dans le plateau de Lassithi. Cette dernière semble avoir été remplacée en importance par la grotte de Ideon Andron à Nida, durant les époques Grecque et Romaine.

Des fouilles dans la grotte mirent à découvert des objets datant de la nouvelle période Néolithique. Durant l'époque Minoenne, la grotte était un lieu de culte pour la déesse de la fertilité. Plus tard, elle est devenue un lieu de culte de Zeus.

La grotte se trouve à 1.540 mètres au-dessus du niveau de la mer. Elle contient une grande pièce à l'entrée et deux pièces horizontales, qui s'ouvrent sur le Sanctuaire intérieur de la grotte. L'on y fait actuellement des fouilles et la grotte est fermée au public.

Les excavations originales furent faites par le professeur Marinatos et révèlent l'usage de la grotte par les Grecs et le Romains. Les récentes excavations dans la grotte sont en rapport avec les objets trouvés dans les couches inférieures de la grotte. L'on sait que la grotte a été utilisée à l'Age Néolithique. Récemment, un superbe bouclier de bronze a été trouvé intact.