Une plaque, à l'entrée d'Agios Nikolaos, raconte, son histoire. L'église faisait autrefois partie du monastère du treizième siècle, d'Agios Nikolaos (le cloître est encore évident à l'angle nord de l'église). L'église d'Agios Nikolaos à Chania était considérée comme l'une des plus importante de la ville durant l'époque Vénitienne. Elle était grande et élégante, avec de larges arches à l'intérieur. L'église fut convertie en Mosquée Sultan Ibrahim, durant l'occupation Turque. Aujourd'hui, bien qu'entièrement rénovée, les murs extérieurs et une surface longuement dômé, séparée en sections plus petites, sur le côté nord de l'église, survivent.

Le minaret de la Mosquée d'Ibrahim se dresse à côté de l'église d'Agios Nikolaos et a un besoin urgent de restauration. Durant le petit tremblement de terre en Mai 1994, l'on craignit que le minaret s'effondre sur la place.