Un autre site Minoen était situé sur un site appelé Mirtos Pirgos. Il était actif dans la Première Période Minoenne et, comme celui de Fournou Korfi, il fut détruit à la même époque, mais fut reconstruit et utilisé dans la Dernière Epoque Minoenne. Durant la Période du Nouveau Palais, l'établissement avait une grand villa au sommet de la colline. Une citerne, datant de la période de l'Ancien Palais, est considérée comme la plus profonde citerne Minoenne trouvée en Crète.

Le site au sommet d'une colline, sur le côté nord de la route principale, est indiqué avant l'entrée de Mirtos. Il y a une mauvaise route ici, qui continue vers le pont Vénitien de l'ancienne route d'Ierapetra. Le sentier, qui commence au pied de la colline près de la grande route, est difficile à voir à cause des récentes inondations, mais comme vous montez, il est clairement indiqué avec des pierres blanches. La montée prend environ 15 minutes et en vaut la peine. De la villa Minoenne sur la crête, on a une vue incroyable sur la mer de Libye et les environs. Une rue en escalier, de la ville, sur le côté est, mène vers une cour pavée, devant la maison. La citerne dans la cour est d'une période plus ancienne et elle fut remplie de pierres quand la villa fut construite. L'allée surélevée caractéristique Minoenne bordait le devant de la véranda. La bordure de l'allée était faite de pierre calcaire pourpre, ainsi que les bases des colonnes de bois, de chaque côté du pilier de soutènement. L'entrée de la villa, de la véranda, était à l'extrémité ouest et menait vers un passage qui continuait au nord vers un escalier (actuellement couvert pour protection) et ensuite vers une lucarne, avec un parterre de pierres calcaires rouges. Un banc (aussi couvert pour protection) se trouvait de l'autre côté de la lucarne. Des ruines trouvées dans l'aile est, nous donnent à penser, qu'il y avait une grande pièce au-dessus.

Sur le côté nord de la colline, sous la villa, se trouvent les ruines de la citerne Minoenne la plus profonde, trouvée en Crète. Il semble que son mur extérieur ait cédé et ne fut pas réparé, forçant l'eau à être tirée par en-bas.

Les objets intrigants trouvés dans la région de Mirtos sont exposés dans les Musées d'Agios Nikolaos et Iraklion.