La grotta di Melidoni si trova a circa 1800 metri a nord-ovest del villaggio ed è un'interessante località archeologica. I reperti qui trovati sono tutti in esposizione al Museo Archeologico di Rèthimnon. Si dice che la grotta fosse la mitica casa di Talos, il gigante di bronzo che faceva due volte al giorno il giro dell'isola di Creta per proteggerla dagli assalti di eventuali nemici. Il racconto mitologico dice che Medea fu la causa della sua morte (vedi Introduzione, la mitologia di Creta, n. 10 sul gigante Talos).

Melidoni era anche il sito di un santuario nel periodo greco classico dedicato ad Ermes Talaios.

La grotta è anche associata ad un tragico avvenimento risalente al tempo dei turchi, quando qui trecentoquaranta uomini, donne e bambini persero la vita. Avendo rifiutato di arrendersi ai Turchi, questi accesero un grande fuoco all'ingresso della grotta che provocò la morte per asfissia degli occupanti. Una lapide commemorativa è posta sul luogo a ricordo di questo tragico fatto, avvenuto nel 1824.