Agìa Pelagìa si trova a 20km ad ovest di Iraklion, sulla superstrada Iraklion - Rèthimnon. Qui si trovava un'antica città greca. Non si sa bene quale sia, forse la città di Apollonia, quella distrutta dagli abitanti di Kydonìa nel 171 a.C. Il nome di Agìa Pelagìa deriva dall'omonimo monastero che si trova a circa 1km ad ovest della baia. Nelle pareti dell'antico monastero vi è un bassorilievo che rappresenta due scudi e fra di essi uno stemma nobiliare.