Accanto alla chiesa cattolica si trova il Museo Archeologico, posto nella splendida chiesa veneziana di San Francesco. Vale senz'altro la pena di una visita, anche per vedere l'interno della chiesa ed il suo giardino. L'esposizione comprende alcuni manufatti locali di epoca minoica molto interessanti, nonchè reperti di epoca ellenistica e romana. I reperti in esposizione presso il museo sono stati rinvenuti negli scavi della città e seguono un filo logico cronologico che inizia dai manufatti del Neolitico. Tutti i reperti sono illustrati da note in greco ed in inglese, con la descrizione del reperto ed il luogo del rinvenimento.

Sono anche in esposizione due tavolette con iscrizioni in Lineare A e Lineare B. Se si escludono le tavolette rinvenute a Knossos, queste sono gli unici esemplari delle due scritture trovati nello stesso sito.

L'esposizione comprende alcuni manufatti locali di epoca minoica molto interessanti, nonchè reperti di epoca ellenistica e romana. I reperti in esposizione presso il museo sono stati rinvenuti negli scavi della città e seguono un filo logico cronologico che inizia dai manufatti del Neolitico. Tutti i reperti sono illustrati da note in greco ed in inglese, con la descrizione del reperto ed il luogo del rinvenimento.

I reperti in esposizione presso il museo sono stati rinvenuti negli scavi della città e seguono un filo logico cronologico che inizia dai manufatti del Neolitico.

La parte centrale del museo è occupata dal vasellame minoico, nonchè da alcune grandi giare, dette pithari.

Al centro della sala si trova una collezione di làrnakes, ossia sarcofagi minoici fittili, splendidamente decorati con uccelli e polpi dipinti, ma anche con l'ascia bipenne e le corna taurine, simboli cultuali minoici. Una delle larnakes contiene ancora due piccoli scheletri.

Poco dietro si trovano parecchi reperti greco-romani, compresi oggetti in vetro, mosaici e sculture. Sul fondo, inoltre, si trova una splendida statua romana, conosciuta come il Filosofo di Elyros, trovata in questa parte dell'isola.

L'edificio del museo è in stile veneziano, con archi a sesto acuto. La navata centrale è affiancata da tre cappelle a cupola, a destra e sinistra dell'accesso centrale. A sinistra dell'attuale entrata si trovava la torre campanaria. La pianta della chiesa era a tre navate, delle quali quella centrale era la più larga. Sulla navata settentrionale si affacciavano nove “pareklìsia” o cappelle. La chiesa fu trasformata in moschea da Yousouf Agà durante la dominazione turca. I resti del minareto si trovano nel giardino adiacente.

Nel giardino adiacente si trovano dei portali veneziani ivi trasferiti da antichi palazzi in rovina. Due di essi provengono dal palazzo Zangaroli, che si trovava nel rione di Kastelli. Zangaroli era il nome del governatore veneziano della città, nel 1606 circa, ed i suoi figli, convertiti all'Ortodossia, costruirono il Monastero di Agìa Triada in località Akrotiri. Nel cortile del museo si trovano anche due fontane: una è di fattura turca e l'altra, in funzione, è quella veneziana che si trovava in Piazza Sindrivani.