Gouverneto è uno dei monasteri più antichi di Creta. Fu eretto, infatti, nel XII secolo. Vicino al monastero si trovava la piccola chiesa della Panagìa di Gouverneto, dalla quale prese il nome il monastero. Il fabbricato ha l'aspetto di una fortezza, con torrioni ai lati.

La chiesa principale di Gouverneto è dedicata alla Presentazione della Vergine. La chiesa è a pianta cruciforme priva di cupola, con un grande nartece posto ad angolo retto difronte alla navata centrale. Il fabbricato ha una volta a botte e, ai quattro angoli, torrette con feritoie. La facciata ha profili scolpiti da sculture di stile barocco, come usava per le decorazioni esterne delle chiese veneziane. La cappella più piccola è dedicata al santo patrono Giovanni l'Eremita, fondatore del monastero.

Durante la rivoluzione greca del 1821, i Turchi saccheggiarono il monastero. I suoi archivi furono così distrutti e molti monaci persero la vita. Più tardi, durante la seconda guerra mondiale, i Tedeschi vi si installarono ed esso patì le stesse sofferenze inflitte a tutto il resto della popolazione cretese. Il monastero fu continuamente depredato e danneggiato dagli invasori.