Το Φαράγγι του Αγιοφάραγγου ξεκινά από το δρόμο από τη Μονή Οδηγήτριας προς τους Καλούς Λιμένες στις νότιες ακτές του Ηρακλείου και καταλήγει στη θάλασσα, δυτικά από τους Καλούς Λιμένες.

Υπάρχει ένα μονοπάτι (με δυτική κατεύθυνση), 500 μέτρα μετά την κοίτη του ποταμού, στο δρόμο από Μονή Οδηγήτριας προς Καλούς Λιμένες. Ακολουθώντας το μονοπάτι αυτό μέχρι το τέλος του, κατά μήκος του ποταμού και μέσα στο φαράγγι, θα βρεθείτε στη θάλασσα.