Στην είσοδο του Αγίου Νικολάου μία πλάκα μαρτυρεί την ιστορία του. Η εκκλησία αποτέλεσε ένα αυθεντικό κομμάτι του μοναστηριού του Αγίου Νικολάου του δεκάτου τρίτου αιώνα. Στην Βενετοκρατία αποτελούσε την πιο σημαντική εκκλησία της πόλης. Ηταν κομψή και μεγάλη σε χωρητικότητα, με πλατιές καμάρες στο εσωτερικό. Στην Τουρκοκρατία ο Σουλτάνος Ιμπραήμ τη μετέτρεψε σε τζαμί. Σήμερα διασώζονται στο βόρειο τμήμα, οι εξωτερικοί τοίχοι της, δραστικά αναμορφωμένοι και ο μεγάλος θόλος της χωρισμένος σε μικρά κομμάτια. Τα απομεινάρια του μοναστηριού βρίσκονται στη βόρεια πλευρά της εκκλησίας και η μονή είναι ακόμα ορατή.

Ο μιναρές του τζαμιού του Ιμπραήμ Πασά βρίσκεται δίπλα στην εκκλησία του Αγίου Νικολάου και χρειάζεται αναπαλαίωση. Σ' ένα σεισμό το Μάιο του 1994 ο μιναρές κινδύνεψε να καταρρεύσει.