Το Γουβερνέτο είναι ένα από τα πιο παλιά μοναστήρια στη Κρήτη και χρονολογείται γύρω στο 1537. Το μοναστήρι έχει μορφή κάστρου με πύργους στην κάθε άκρη του για προστασία από τους επιδρομείς. Οι ενετικές επιδράσεις είναι φανερές στο μοναστήρι.

Η κεντρική εκκλησία του Γουβερνέτου είναι αφιερωμένη στη Σύλληψη της Θεοτόκου. Έχει σταυροειδή αρχιτεκτονική χωρίς θόλο και μ' ένα κάθετο νάρθηκα μπροστά στο κύριο κλίτος. Η εκκλησία διαθέτει σε κάθε γωνία πυργίσκους για όπλα και τόξα ενώ θαυμάσιες βενετικές παραστάσεις σε ρυθμό μπαρόκ, που επηρέασε την πρόσοψη όλων των εκκλησιών κατά τη Βενετοκρατία, διακοσμούν την είσοδό της. Το διπλανό παρεκκλήσι είναι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη, τον ιδρυτή του μοναστηριού.

Κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης του 1821 οι Τούρκοι λεηλάτησαν το μοναστήρι. Πολλοί από τους μοναχούς έχασαν τη ζωή τους και τα αρχεία του μοναστηριού καταστράφηκαν. Αργότερα, κατά τη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, το μοναστήρι υπέφερε μαζί με τον κρητικό πληθυσμό καθώς οι γερμανικές δυνάμεις εδραίωναν την κυριαρχία τους. Για μια ακόμα φορά οι κατακτητές εισέβαλαν και προξένησαν σοβαρές ζημιές.