Ο ναός του Πύθειου Απόλλωνα ήταν το σημαντικότερο ιερό της Γόρτυνας κατά τα Ελληνιστικά Χρόνια από τον 7ο αιώνα π.Χ. κι έχει κολόνες δωρικού ρυθμού. Ανάμεσα στις κολόνες υπάρχουν πέτρινες επιγραφές που δείχνουν τις διαπραγματεύσεις των κρητικών πόλεων με τον Εφμένη της Περγάμου (2ος αιώνας π.Χ.). Ο ναός μετατράπηκε αργότερα (5ος αιώνας μ.Χ.) σε τρίκλιτη χριστιανική βασιλική και αποτελούσε θρησκευτικό κέντρο μέχρι την κατασκευή του Αγίου Τίτου. Οι κορινθιακού ρυθμού κολόνες της βασιλικής είναι ακόμα ορατές.