H Κρήτη τελούσε υπό συνεχή απειλή Τουρκικής εισβολής κατά τη διάρκεια των τελευταίων χρόνων της Βενετοκρατίας. Η εισβολή άρχισε το 1645 με επίθεση κατά των Χανίων. Εξήντα χιλιάδες Τούρκοι στρατιώτες αποβιβάστηκαν με στόλο που αποτελούνταν από 400 καράβια και σύντομα κατάλαβαν τα Χανιά. Το Ρέθυμνο ήταν ο επόμενος στόχος και έπεσε στα χέρια των Τούρκων το 1646. Με το τέλος του 1648, ο Τούρκος Αυτοκράτορας Οττομάν είχε υπό τον έλεγχό του ολόκληρη την Κρήτη εκτός το Ηράκλειο, του οποίου η πολιορκία κράτησε εικοσιένα χρόνια. Τελικά στις 27 Σεπτεμβρίου 1669, το Ηράκλειο παραδόθηκε. Η ηρωική μάχη στοίχισε τη ζωή 117.000 Τούρκων και περίπου 30.000 Κρητών και Βενετών.

Απίστευτη καταστροφή ακολούθησε την κατάκτηση. Εκκλησίες λεηλατήθηκαν ενώ άλλες μετατράπηκαν σε τζαμιά. Ακόμα και δρόμοι και σπίτια υπέκυψαν στην καταστροφική μανία του κατακτητή.

Πολλοί από τους ντόπιους έφυγαν από την Κρήτη για να γλιτώσουν την εκτέλεση από το καθεστώς του Οττομάν, χιλιάδες φυλακίστηκαν, ενώ άλλοι κατέφυγαν στα βουνά. Μεγάλος αριθμός Τούρκων εποίκων έφτασε βυθίζοντας στη μιζέρια το συνεχώς συρρικνούμενο χριστιανικό πληθυσμό. Στους Κρητικούς επιβλήθηκαν φόροι πολύ ψηλότεροι από ότι σε άλλες περιοχές της Τουρκικής αυτοκρατορίας. Ορισμένοι από τους αγρότες έγιναν δουλοπάροικοι και η ιδιωτική ιδιοκτησία κατασχέθηκε.

Οι συνθήκες σκλαβιάς οδήγησαν σε συνεχείς σχεδόν εξεγέρσεις εναντίον των Τούρκων. Ο Δασκαλογιάννης ηγήθηκε της πρώτης μεγάλης εξέγερσης το 1770. Η εξέγερση ήταν επιτυχής αρχικά αλλά τελικά καταπνίχτηκε από τις Τουρκικές δυνάμεις. Αυστηρά αντίποινα εναντίον του χριστιανικού πληθυσμού ακολούθησαν τόσο αυτή όσο και τις περισσότερες από τις υπόλοιπες εξεγέρσεις.

To 1821, όταν ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση, η Κρήτη συμμετείχε δυναμικά. Οι Τούρκοι ζήτησαν βοήθεια από τον Πασά της Αιγύπτου και τα στρατεύματά του έκαμψαν την αντίσταση του νησιού. Το 1832 ιδρύθηκε το Ελληνικό Κράτος, το οποίο όμως δεν περιλάμβανε την Κρήτη και το νησί πέρασε στα χέρια των Αιγυπτίων σαν αναγνώριση για τη βοήθειά που οι τελευταίοι προσέφεραν στους Τούρκους.

Η μεγάλη Κρητική Επανάσταση ξέσπασε το 1866 υποβοηθούμενη από εθελοντές και ενισχύσεις από όλη την ελεύθερη Ελλάδα. Αρχικά οι επαναστάτες σημείωσαν μια σειρά από συνεχείς νίκες. Καθώς όμως όλο και περισσότερες Τουρκικές δυνάμεις αποβιβάζονταν στο νησί, τα αντίποινα έγιναν σκληρότερα και επιβάλλονταν πιο συχνά, ακόμα και σε άτομα που δε συμμετείχαν στις επαναστάσεις. Το ολοκαύτωμα στο Μονή του Αρκαδίου έγινε ένα τραγικό σύμβολο του Κρητικού αγώνα για ανεξαρτησία. Εκατοντάδες γυναικόπαιδα βρήκαν καταφύγιο στο Μοναστήρι αρνούμενοι να παραδοθούν στις Τουρκικές δυνάμεις και ανατίναξαν την πυριτιδαποθήκη, παίρνονταν μαζί τους στον τάφo πολλές εκατοντάδες Τούρκους στρατιώτες.

Τελικά, μετά από χρόνια σκληρών αγώνων οι Μεγάλες Δυνάμεις (Βρετανία, Γαλλία, Ιταλία και Ρωσία) αποφάσισαν ότι η Τουρκία δεν μπορούσε πλέον να ελέγχει την Κρήτη και παρενέβησαν, έτσι ώστε οι Τουρκικές δυνάμεις εκδιώχτηκαν το 1898 και διακηρύχτηκε η ανεξαρτησία της Κρητικής Δημοκρατίας.